Η εκκλησία της Αγια-Σωτήρας (Μεταμόρφωση του Σωτήρος) αποτέλεσε από τα βυζαντινά χρόνια τον κοιμητηριακό ναό του νεκροταφείου του μεσαιωνικού οικισμού του Μουλκίου. Ο δε ναός της Παναγίας επιβίωσε ως αντρικό μοναστήρι κατά τους μεσαιωνικούς χρόνους και τα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας. Η προφορική παράδοση, η οποία μάλλον είναι αληθής και φαίνεται ότι απηχεί πραγματικά γεγονότα, διασώζει ότι οι καλόγεροι ήρθαν σε διένεξη με τους κατοίκους του ολιγοπρόσωπου οικισμού για κτηματικές διαφορές. Οι διαμάχες οδήγησαν τους μοναχούς να εγκαταλείψουν το μοναστήρι και τα κτήματά τους και να αναζητήσουν ηρεμία σε πτυχή της δασώδους κορυφής του βουνού της Μάλιζας, όπου έχτισαν εκεί το μοναστήρι του αγίου Νικολάου κοντά σε μικρή πηγή που κάλυπτε τις ανάγκες της επιβίωσής τους. Φαίνεται, όμως, ότι με το πέρασμα των χρόνων η ποσότητα του ύδατος της πηγής ολοένα και λιγόστευε, γεγονός που ανάγκασε τους μοναχούς να εγκαταλείψουν τη μονή αυτήν και να μεταφερθούν λίγο πιο κάτω σε άλλη δασώδη χαράδρα, και κοντά σε πηγή άφθονου νερού (δυτικά του Αγίου Ιωάννου του Καλυβίτη) και να ιδρύσουν εκεί τη νέα μοναστική τους κοινότητα ανεγείροντας νέο ναό (1752) στη μνήμη και πάλι του αγίου Νικολάου. Το μοναστήρι αυτό υπάρχει και σήμερα και είναι γνωστό ως ο άγιος Νικόλαος στα Λεμόνια (<Ελεήμων).
Πίσω από τις διαμάχες και τις διενέξεις ντόπιων και καλογέρων γίνεται αντιληπτό ότι έχουμε να κάνουμε με την -ίσως- πρώτη κατά τους μεταβυζαντινούς χρόνους λαϊκή μικροεξέγερση, η οποία συνοδεύτηκε από τη δίωξη των μοναχών και την κατάληψη από τους εξεγερμένους των αγρών που ανήκαν στη μικρή μονή. Η τοπικού χαρακτήρα αυτή μικροεξέγερση, που σημειώθηκε στο νησί μας εκδηλώθηκε κατά της εξουσίας της Εκκλησίας, η οποία τότε εκφραζόταν στο Μούλκι με την κατοχή και εκμετάλλευση εκτεταμένων αγροτικών καλλιεργειών και την αφαίρεση κάθε δυνατότητας από τους ντόπιους να κατέχουν κτήματα, ώστε να είναι σε θέση να καλύψουν τις βασικές ανάγκες για την επιβίωσή τους. Οι διάσπαρτες, μάλιστα, λίθινες λεκάνες ελαιοτριβείων στο Μούλκι δείχνουν πως η κύρια ασχολία των κατοίκων στα βυζαντινά χρόνια ήταν η ελαιοκομία και κατ` επέκταση πηγή εσόδων το λάδι. Μέχρι τη δεκαετία του 1980 κοντά στην πηγή του Αγίου Ιωάννου του Νηστικού (14ος αι.) υπήρχε πηγάδι και δίπλα του τριβείο ελαιοκάρπου, μια λίθινη δηλαδή λεκάνη με ομφαλό στο κέντρο. Σε μικρή απόσταση ανατολικά της πηγής σωζόταν, πριν τη διαπλάτυνση του δρόμου στη νότια πλευρά του, υπόλειμμα τοίχου από αργολιθοδομή, ασβεστοκτισμένου με επιμέλεια και με έναν όρθιο δόμο με κυκλοτερή κοιλότητα. Ο δόμος με την κοιλότητα χρησίμευε ως υπομόχλιο πιεστηρίου ελαιοτριβείου· δεχόταν δηλαδή την άκρη ισχυρού δοκαριού, μέσω του οποίου πίεζαν τη στοίβα από τα μουτάφια ελαιοπολτού για την έκθλιψή του.
Να σημειωθεί, τέλος, ότι το Μούλκι μέχρι τουλάχιστον τον 17ο αιώνα ονομαζόταν Μητρόπολη, όπως μνημονεύεται από ξένους περιηγητές του παραπάνω αιώνα (Metropolis, Metropi και Metropis). Η τοπωνυμική αυτή μαρτυρία είναι ακριβής και όσον αφορά την Αθήνα μαρτυρείται ο συγκεκριμένος όρος πριν το έτος 1204 να χαρακτηρίζει κτήσεις εκκλησιαστικές κάτω από τη δικαιοδοσία του μητροπολίτη. Το πόλισμα, λοιπόν, αυτό υπήρξε επισκοπή πριν τον 10ο αιώνα αλλά και έδρα του επισκόπου Σαλαμίνας. Κατά τους χρόνους αυτούς η Επισκοπή Σαλαμίνης κατείχε την τρίτη θέση στην επικράτεια της Μητρόπολης της Αθήνας. Ο περιηγητής Spon (1676) καταγράφει την εκκλησία της Παναγίας ως αντρική μονή, καλουμένη Μητρόπολη και κοντά σ` αυτήν μερικά σπίτια. Ο συνταξιδιώτης του Wheler αναφέρει αντί μονής χωριό που είναι χτισμένο πάνω σε λόφο, ενώ ο Chandler, περιηγητής και αυτός της ίδιας περίπου εποχής, αναφέρει τα ερείπια ενός εγκαταλειμμένου χωριού, μάλλον του οικισμού του Αγίου Δημητρίου που είχε ήδη εγκαταλειφθεί κατά τον 12ο με 13ο αιώνα. Το χαμένο πια τοπωνύμιο Μητρόπολη αντικατοπτρίζει μια πραγματικότητα. Χρειάζεται να θεωρηθεί ότι ο Άγιος Δημήτριος στο Ζαρμπαλά υπήρξε η έδρα του επισκόπου της βυζαντινής Σαλαμίνης. Μετά την εγκατάλειψη του εκεί οικισμού (μάλλον λόγω λειψυδρίας) και τη μετεγκατάσταση των κατοίκων στις υπώρειες της Μάλιζας, μεταφέρθηκε παράλληλα και η έδρα της επισκοπής με το να ανεγερθούν εκεί οι δύο εκκλησίες της Παναγίας και της Αγια-Σωτήρας. Εξάλλου το ίδιο το τοπίο την εποχή εκείνη θύμιζε μια μικρή μοναστική κοινότητα με τα ερείπια του Αγίου Δημητρίου και τις δύο βυζαντινές εκκλησίες να δεσπόζουν των χαμηλών οικιών στο φόντο ενός καταπράσινου δάσους, αλλά και τα διάσπαρτα εκκλησάκια της περιοχής της Κακηβίγλας έδιναν την εντύπωση ότι η περιοχή αυτή ήταν μια μοναστηριακή πολιτεία. Το βυζαντινό τούτο πόλισμα αναπτύχθηκε στο εσωτερικό του νότιου μυχού του όρμου της Σαλαμίνας, μιας και οι νοτιοανατολικές ακτές του νησιού αποτελούσαν τότε τα σημεία ελλιμενισμού στη νήσο.
Η μετάπτωση του τοπωνυμικού Μητρόπολη σε Μούλκι μάλλον έγινε γύρω στα τέλη του 17ου με τις αρχές του 18ου αιώνα, όταν οι μοναχοί της μονής της Παναγίας είχαν εκδιωχθεί από εκεί και ως εκ τούτου είχαν απωλέσει τον έλεγχο των αγροκαλλιεργειών που ανήκαν στο μοναστήρι. Εξαιτίας, λοιπόν, της απόσυρσής τους στη δασώδη πτυχή της Μάλιζας και των σχετικά μακριά από αυτούς κτημάτων, ιδιώτες του χωριού (να σημειωθεί ότι την εποχή αυτήν είχαν εγκατασταθεί και οι νεοφερμένοι Αρβανίτες και επομένως είχε αυξηθεί και ο πληθυσμός) θέλησαν να οικειοποιηθούν τα χωράφια και τις ελιές με το να υπαγάγουν τις εκτάσεις αυτές σε μούλκι χωρίς, όμως, κάποια σουλτανική επικύρωση. Με την ίδρυση του νεοελληνικού κράτους ο επίσκοπος Αιγίνης, Ύδρας και Σαλαμίνος Σαμουήλ θεώρησε το Μούλκι της Σαλαμίνας ως κατά παράδοσιν κτήμα, του οποίου τη νομή είχε ο εκάστοτε Μητροπολίτης Αθηνών μέσω της εμπραγμάτου σχέσης της αλλοτινής Επισκοπής Σαλαμίνης με την Μητρόπολη της Αθήνας και διεκδίκησε έτσι τα δικαιώματα της νομής έναντι της κοινότητας της Σαλαμίνας, η οποία υπερασπιζόταν τότε τη δική της κυριότητα επί των κτημάτων αυτών, ώστε να αποκομίσει έσοδα για τη σύσταση ελληνικού σχολείου. Μετά από όλα αυτά συνάγεται το συμπέρασμα ότι ενώ μούλκι στην τουρκική σημαίνει το περιμαντρωμένο κτήμα που επικυρώθηκε από το σουλτάνο σε χριστιανούς κατά πλήρες δικαίωμα ιδιοκτησίας, στη δική μας περίπτωση μούλκι σημαίνει απλά την ιδιόκτητη γη, όπως αυτό γίνεται εμφανές και από αναφορές σε προικοσύμφωνα και πωλητήρια έγγραφα του 18ου αιώνα. Με την έννοια του αγαθού ως αποκτήματος -ή καλύτερα θα λέγαμε ως επίκτητου χαρίσματος της προσωπικότητας κάποιου- η λέξη μούλκι λάμβανε την παραπάνω ιδιότητα σύμφωνα με παλαιό δίστιχο που λεγόταν στη Σαλαμίνα: η φρονιμάδα κι η τιμή είναι μεγάλο μούλκι / και μοιάζει με το μάλαμα κλεισμένο στο σεντούκι.